Het Zeehondencentrum bevindt zich in de haven van Lauwersoog, in het noorden van de provincie Groningen. Het is eenvoudig bereikbaar via de N361, zowel vanuit Leeuwarden als vanuit Groningen. Volg de borden naar de haven van Lauwersoog, waar het WEC duidelijk staat aangegeven. Er is voldoende parkeergelegenheid bij het centrum. Kijk voor meer informatie op de WEC website.
Vanaf het NS-station in Groningen neem je de Arriva-stoptrein (richting Roodeschool) naar station Winsum. Vanaf de bushalte in Winsum neem je bus 68 (richting Lauwersoog) en stap je uit bij de bushalte in de haven van Lauwersoog. Vanaf daar is het WEC en het Zeehondencentrum op korte loopafstand te bereiken.